1. Tip: Spidsen af en akvarelpen er generelt rund, mens spidsen af en tusch er flad, som er opdelt i en fibertypespids og en skumtypespids.
2. Blæk: Markører er vandbaserede, oliebaserede og alkoholbaserede, mens akvarelpenne kun har én vandbaseret type.
3. Farvelægning: Akvarelpenne kan ikke stable farver, men tuscher kan stable farver. Markører er nemmere at farve end akvarelpenne.
4. Anvendelse: Fordelen ved akvarelpen er, at den har nok vand, farven er rig og lys, og ulempen er, at vandet er ujævnt, overgangen er unaturlig, og de to farver er ikke nemme at forene sammen, så den er generelt velegnet til børnemalerier, og kan også bruges som tusch.
Fordelen ved markøren er, at vandet er ensartet, og ulempen er, at farvekontrasten er svagere, men de to kan koordineres godt sammen, og kan tegne arkitektoniske gengivelser og industrielle designgengivelser.
